Alexa Fluor系列熒光染料可見光譜的常用的染料，Alexa Fluor是熒光標記試劑的一大突破，包括一系列近紫外、可見光和近紅外光譜的優良染料，在藍光和遠紅光范圍提供了多色檢測和FRET（熒光共振能量轉移）的多種選擇。和R－PE 或APC 聯用的Tandem 染料擴展了Alexa Fluor 在多色檢測的應用。 Alexa Fluor是近年來使用的非常適合于激光共聚焦的系列熒光染料，其特色為激發峰值適合于激光器的濾光片，發射峰比較窄，有利于多種熒光標記，并且耐淬滅性強。 

Alexa Fluor 熒光染料的優點：

亮度 — Alexa Fluor 偶聯物相比其他染料熒光更強。

光穩定性 — Alexa Fluor 偶聯物相比其他染料光穩定性更強，提供更長的圖像捕獲時間。

儀器兼容性 — Alexa Fluor 偶聯物的吸收光譜與普通激發光源的主要輸出波長相匹配。

多種顏色 — Alexa Fluor 偶聯物有藍色到紅色的多種直接熒光.

pH 值不敏感 — Alexa Fluor 染料在一個廣泛的pH 范圍內保持強熒光.

水溶性 — Alexa Fluor 反應性染料有良好的水溶性, 無需有機試劑即可結合蛋白, 且儲存不易產生沉淀.

常用的有：

Alexa 488，可用氬離子激光器488nm濾光片激光激發，發射光為綠色，與GFP、FITC、CY2的波長相近；

Alexa 546，可用543nm濾光片激發，發射光為紅色，與TRITC、CY3的波長相近；

Alexa 633，可用633nm濾光片激發，與Cy5的波長相近。